Rancangan Malaysia Kesembilan (2006-2010) menegaskan seruan untuk pembangunan serantau yang seimbang dengan pembangunan didorong oleh pusat-pusat perkembangan di negeri-negeri berkenaan serta kawasan melintasi sempadan. Khususnya, Rancangan Malaysia Kesembilan telah mengenal pasti Iskandar Malaysia sebagai kawasan tumpuan untuk pembangunan di rantau selatan Semenanjung Malaysia dan sebagai salah satu daripada pemangkin utama dan pembangunan impak yang tinggi di bawah rancangan itu.
Pelan Iskandar Malaysia, sejajar dengan Rancangan Malaysia Kesembilan, penekanan dibuat untuk memastikan bahawa strategi dan inisiatif ini adalah selaras dengan 5 keutamaan Rancangan Malaysia Kesembilan.
5 keutamaan Rancangan Malaysia Kesembilan ialah:
Keutamaan 1
Untuk menggerakan ekonomi ke tahap nilai yang lebih tinggi
Keutamaan 2
Untuk meningkatkan Keupayaan ilmu pengetahuan dan inovasi serta memupuk “pemikiran kelas pertama.
Keutamaan 3
Untuk menyelaraskan ketidaksamaan sosioekonomi berterusan secara produktif dan positif
Keutamaan 4
Untuk meningkatkan taraf dan kemampanan kualiti hidup
Keutamaan 5
Untuk memperkukuhkan kapasiti institusi dan implementasi